Présentation de la paroisse

De 1790 à 1793, les Jacobins tinrent leurs réunions dans l'église. Après la prise de Toulon, le 19 décembre 1793, par les armées de la Convention, elle servit de prison. Successivement temple décadaire, dépôt de munitions, entrepôt de tonneliers, elle fut rendue au culte en 1803, et érigée en paroisse sous le nom de Saint François de Paule.

Pourquoi cette nouvelle appellation puisque ce saint, mort en 1507, originaire de Calabre, fonda les Minimes et non les Récollets ? Peut-être à cause du transfert d'une statue le représentant et provenant du couvent des Minimes situé dans le proche quartier de Besagne.

Autre hypothèse : l'église étant devenue, depuis sa réouverture au culte, le siège de la Confrérie charitable des Pénitents Noirs, et ceux-ci ayant pour patron saint François de Paule, l'habitude aurait été prise de l'appeler église Saint François de Paule... Toutefois, certains Toulonnais l'appellent encore église Saint Jean et une carte postale du début du siècle la représentant mentionne "Église Saint Jean-Baptiste".

Le culte paroissial fut assuré jusqu'en 1941, mais il était déjà bien réduit à cette date en raison de l'évacuation de la ville et des risques causés par la vétusté des balcons antérieurs. Très ébranlée par les bombardements, l'église fut complètement sinistrée lors du départ des Allemands en 1944. L'explosion des quais souffla la toiture. Les fresques admirables qui ornaient les murs et qui avaient motivé le classement de 1942, étaient irrémédiablement perdues. Toutes les recherches menées à ce jour pour en retrouver une copie ont été vaines. En 1945, l'église est rattachée à la paroisse cathédrale, mais le culte ne peut plus y être célébré.

Après la guerre, elle est l'objet d'une longue restauration sur le plan primitif de 1744. Le culte est rétabli en 1967. La réfection de la façade principale, entreprise en 1991, est achevée en 1994. Mais des désordres apparaissent maintenant dans l'architecture intérieure... En 2005, elle redevient paroisse indépendante de la cathédrale. Elle est confiée la même année à la Société des Missionnaires de la Miséricorde Divine.